矮石斛的病害有煤污病，煤污病会严重影响叶片的光合作用，造成植株发育不良。黑斑病，黑斑病在初夏发生，会使叶子枯萎脱落。炭疽病会危害叶片和茎枝，发病时用50%多菌灵1000倍液或50%托布津1000倍液喷雾2-3次进行防治。
矮石斛病害煤污病
煤污病会使整个植株叶片表面，覆盖一层煤烟灰黑色粉末状物，严重影响叶片的光合作用，造成植株发育不良，主要发病期在3-5月。用50%多菌灵1000倍液或40%乐果乳剂1500倍液喷雾1-2次防治。
矮石斛病害黑斑病
感染黑斑病时，嫩叶上会出现黑褐色的斑点，斑点周围黄色，逐渐扩散到叶片，严重时黑斑在叶片上互相连结成片，最后叶子枯萎脱落，黑斑病常在初夏发生。用1︰1︰150波尔多液或多菌灵1000倍液可以预防和控制黑斑病的发展。
矮石斛病害炭疽病
炭疽病危害叶片和茎枝，受害的叶片会出现褐色或黑色病斑，一般发生在1到5月份。发病时用50%多菌灵1000倍液或50%托布津1000倍液喷雾2-3次进行防治。